Малый суслик — один из наиболее мелких видов сусликов нашей фауны. Длина тела менее 240 мм (обычно менее 210 мм), ступни менее 37.5 мм (обычно менее 35 мм); хвост короткий, в среднем около 20% длины туловища.

Окраска верха сравнительно светлая, буроватая, обыкновенно с различным преобладанием охристых тонов. У многих форм на спине заметная светлая крапчатость; темная кайма на конце хвоста выражена в различной степени, иногда отсутствует, подошвы голые.

Длина черепа малого суслика 37.6-43.2 мм, зубного ряда 22.2-25.8 мм. Зубной ряд в среднем относительно длиннее, чему других мелких видов, так как передний предкоренной и последний коренной менее редуцированы. Носовой отдел относительно короткий. Надглазничные отростки шире в их основании, короче и слабее опущены книзу; края глазниц приподняты сильнее, чем у других мелких видов надглазничные отверстия хорошо выражены. Теменные гребни развиты слабо, образуют лировидный рисунок. Верхние резцы длиннее в их свободном отделе и более полого, а нижние более круто изогнуты, чем у обыкновенного и крапчатого суслика. Передний нижний предкоренной обычно с 2 задними корнями, но внутренний часто редуцирован, иногда полностью.

У восточных подвидов малого суслика в строении черепа отчетливее, чем у западных, выражены признаки строения, свойственные крупным сусликам подрода Colobotis — желтому и большому; у западных многие ив них имеют характер, переходный к таковым у представителей подрода Citellus — крапчатому (С. suslicus) и европейскому (С. citellus) сусликам. От этих последних малого суслика отличает совокупность таких признаков, как строение надглазничных отростков, развитие надглазничных отверстий, или вырезок, пропорции слуховых барабанов и относительная величина верхнего переднекоренного.

От Днепра на западе до оз. Балхаш на востоке. Северная граница проходит к югу от Полтавы и далее приблизительно по линии Изюм- Мальчевская-Калач-Урюпинская — Энгельс — Кинель — Хайбуллино — Троицк-Кустанай-Атбасар-Акмолинск-западное побережье Балхаша. Южная граница проходит у гор южного берега Крыма, по Азовскому побережью, к Ростову, по правому берегу Дона до стан. Кочетковской; у стан. Романовской переходит на левый берег Дона, идет по реке Сал до с. Торгового, по лиману Б. Маныча до устья р. Ср. Егорлык и по линии Петровское-р. Калаус-г. Прикумск-р. Кума, от устья которой граница поворачивает на юг — к Терекли и на восток — к Кизляру. От устья Кумы граница идет к северному берегу Каспия на Усть-Урт (оз. Асмантай), по южному берегу Аральского моря, к западному побережью Балхаша. Кроме того, имеются изолированные колонии в Грозненской области между Терским и Сунженским хребтами, в Дагестане к югу от Сулака и на Главном Кавказском хребте в верховьях рек Учкулан, Кубань, Баксан, Чегем, Черек и др.

Достоверные ископаемые остатки известны только из пределов современного ареала из области нижнего течения р. Урал, где на протяжении верхней половины плейстоцена обитало 2 формы: более древняя — С. p. muscicoides — и более молодая — С. p. caspius, и из области низовий р. Дон. Для выяснения вопроса относительно прежнего обитания малого суслика в Крыму и других местах юго-западной части СССР, а также в Западной Европе, требуются дополнительные исследования.

Наибольшей плотности поселения достигает в зоне глинистых полынных полупустынь Западного и частью Центрального Казахстана. Значительно меньше она как в более ксерофитных, солянковых полупустынях, так и среди злаково-полынных участков со сравнительно густым травостоем. Участки эфемеровой полупустыни также оказываются густо заселенными, особенно по соседству с полынными группировками (комплексная полупустыня). Охотно селится на выгонах, пастбищах, по обочинам дорог; не избегает песчаных и солонцеватых почв, но весьма чувствителен к положению уровня грунтовых вод. С распаханных земель уходит, оставаясь лишь в краевой, 100—150-метровой зоне занятых посевами площадей. По сравнению с крапчатым сусликом, с которым граничит на западе области своего распространения, а местами образует и помеси, обладает эколого-физиологическими особенностями, свидетельствующими о большей приспособленности к жаркому и засушливому климату (летнее тепловое оцепенение, быстрое накопление жира).  В горах Кавказа обитает среди ксерофильных степей, от 1200 до 3500 м над ур. м., заходя в альпийский и субальпийский поясы, поселяясь на полянах у окраины горных лесов и субальпийских кустарников.

В Европейской части СССР граничит на севере с крапчатым сусликом и, вероятно, образует с ним помеси. Считается, что он вытесняет здесь последнего: малый суслик деятельнее при более низких температурах, чем крапчатый, быстрее накапливает жир, избегает высоких дневных температур (имеет в южных и юго-восточных районах двухвершинную кривую активности), впадает в летнее тепловое оцепенение. Однако обладая значительной пластичностью этих признаков, проникает на северо-западе в степную обстановку, а на юго-западе в горы.

Малый суслик деятелен в течение всей светлой части суток, особенно в дневные часы. Однако с нарастанием дневных температур у форм из южных и юго-восточных частей ареала наблюдается спад активности среди дня. Активный период составляет 80—100 дней. Сроки пробуждения и ухода в спячку сильно растянуты. Первые зависят от хода весенних температур и быстроты стаивания снегового покрова; взрослые зверьки появляются на поверхности раньше молодых, а старые самцы несколько раньше самок; у первых соответственно раньше прекращается и их наземная активность.

Эта последняя в сильной степени зависит от быстроты выгорания растительности, которая определяет степень нажированности зверьков. У взрослых особей (обычно только у части популяции) постоянно или лишь в засушливые годы наблюдается летнее тепловое оцепенение. У некоторых подвидов оно, как и у желтого суслика, может переходить в зимний сон. Наибольшая подвижность зверьков наблюдается в весеннее время, после пробуждения и следующего за ним гона, а также в период расселения молодняка. В это же время обычно начинается залегание в спячку взрослых самцов и неразмножавшихся самок; в Западном Казахстане это происходит в конце первой декады июня.  Сезонный диморфизм меха не выражен. 

Хорошо выражена избирательная пищевая способность: основную пищу составляют эфемеры (луки, тюльпановые), узколистые злаки (тонконог, однолетние пыреи); к осени хорошо поедаются полыни. Горная форма (С. p. musicus Men.) несколько отличается по биологии.

В связи с ограниченным числом удобных для поселения мест колониальность у горного суслика хорошо выражена. Вертикальные ходы в норах, как правило, отсутствуют; длина хода больше, чем у равнинных форм. Выход из нор растягивается с начала марта до конца мая, залегание — до первой декады октября. Период спаривания продолжается 18-25 дней. Размножается 1 раз в году. В зависимости от кормовых условий прошедшего года и фенологических условий весны, определяющих сроки пробуждения, процент участвующих в размножении самок колеблется от 5 до 98 % (чаще от 50 до 90%). Половозрелым становится на втором году жизни. Беременность 25-26 дней. Среднее количество молодых в помете колеблется в равных частях ареала от 5 до 8. Молодые начинают выходить на поверхность в возрасте 20-22 дней.  В возрасте 40—45 дней зверьки переходят к самостоятельному образу жизни и начинают расселение; к моменту залегания в спячку в силу естественной смертности сохраняется не более 20% исходного состава поголовья прибылых зверьков. Весьма велик также и процент гибели сусликов во время спячки, составляющий до 68% общего состава популяции. Действие всех этих факторов определяет колебание численности, которое не достигает, однако, величин, характеризующих мышевидных грызунов.

Питается малый суслик как надземными, так и подземными частями растений. Суточная потребность составляет до 120 г растительной массы. Смена кормов в соответствии с сезонной сменой в развитии растительности полупустынь хорошо выражена. Весной в пище преобладают луковички эфемеров, затем преимущественно надземные части, в особенности узколистных злаков, а к осени и полыней; с началом выгорания растительности снова переходит на питание подземными частями, среди которых основное значение имеют луковички мятлика, являющиеся вместе с полынью главным нажировочным кормом. Поедает также все культурные злаки и растения бахчевых и огородных культур; излюбленным кормом является люцерна. Уничтожает желуди, высаживаемые при закладке лесополос, повреждает их молодые всходы.

Причиняет больший, чем другие виды, ущерб сельскохозяйственным культурам, особенно резко сказывающийся в засушливых районах. Здесь зверьки, кроме того, истребляют весеннюю эфемерную растительность, а раннее выгорание побуждает их к массовому переселению на посевы.

Малый суслик отмечен как вредитель лесопосадок в пустынных и пустынно-степных районах Заволжья, а также в Предкавказье, на Украине и пр.; имеет существенное эпидемиологическое значение. В настоящее время наблюдается снижение вредоносной деятельности в связи с общим повышением уровня агротехники и интенсивным истреблением.

Многочисленные описанные подвиды отличаются мелкими особенностями окраски, к тому же и далеко не постоянными. Более постоянны отличия 1) у зверьков из пустынных областей восточного Предкавказья, Заволжья и Казахстана и 2) у распространенных к западу от Волги. Первые мельче, бледнее окрашены, с неясным крапчатым рисунком и относительно коротким хвостом; череп массивный, широкоскулый, с круто расходящимися в их переднем отделе скуловыми дугами, крупными глазницами и, в связи с этим, более высоким в средней части черепом, с выпуклой линией профиля; передний верхний предкоренной зуб, в среднем, относительно крупнее, а нижний — с более крупным передним корнем и склонным к редукции задневнутренним. У сусликов 2-й группы, обитающих в более степной обстановке, размеры больше, окраска темнее, крапчатость верха яснее, хвост относительно длиннее; череп менее массивный, относительно узкоскулый, с более постепенно расходящимися в их переднем отделе скуловыми дугами, более мелкими глазницами и не столь выпуклым черепом, с пологим профилем; передний верхний предкоренной зуб в среднем мельче, передний корень нижнего — тоньше, а внутренний хорошо развит и имеет самостоятельное гнездо в альвеоле. В пределах обеих групп можно уловить более мелкие различия в степени выраженности этих признаков в связи с различиями в характере среды и историей вида в разных частях ареала.

Известны следующие подвиды малого суслика:
1) Citellus pygmaeus pygmaeus Pall. (1778) — окраска спины глинисто-желто-бурая, верх головы довольно яркий рыжевато-желтый, на конце хвоста черной каймы нет; южная часть Волго-Уральского и Урало-Эмбинское междуречья.
2) C. p. mugosaricus Licht. (1823) — окраска спины более насыщенная и темная; Мугоджарские горы.
3)C. p. т. natio nikolskii Hept. (1934) — окрашен бледнее предыдущего, крапчатый рисунок не выражен; Приаральские полупустыни, Б. Барсуки, Усть-Урт, Мангистау.
4) C. p. herbicola Martino (1914) — окраска спины темнее и серее, чем у типичной формы; окраска брюшка светлая, немного серее, чем у нее; на конце хвоста всегда имеется черная или темнобурая кайма; Актюбинская и западная часть Казахстанской области к югу до р. Чу.
5) C. p. kazakstanicus Goodw. (1935) — окраска светлее, чем у предыдущей формы; из района к северу от Кзыл-орды.
6) C. p. pallidus Orlov (1927) — окраска спины светлее и серее, чем у типичной формы,. окраска брюшка такая же или несколько светлее, темя однотонное, сероватое; Калмыцкие степи к юго-западу от Кумы, пустыни низового Заволжья и приустьевой части Волги.
7) C. p. septentrionalis Obol. (1927) — окраска спины темнее, чем у типичной формы, окраска брюшка несколько ярче, темная кайма на конце хвоста иногда имеется, макушка яркая, рыжеватая, иногда с ржавыми тонами; Куйбышевская область, к югу, возможно, до широты Уральска.
8) C. p. kalabuchovi Ogn. (1937) — общий тон окраски бледный, палево-серый, крапчатость выражена довольно ясно, хвост насыщенно охристый, без предконцевой черной каймы; верхнее и среднее течение Сала, верхнее течение Маныча, северное Предкавказье.
9) C. p. planicola Sat. (1909) — в окраске спины мало глинисто-желтых тонов, преобладают сероватые; брюшко окрашено серее, чем у типичной формы, темная кайма на хвосте имеется; низовья Терека и прилежащие полупустыни.
10) C. p. satunini Svirid. (1922) — отличается от предыдущего заметной примесью палево-желтого тона в окраске спины, более бледной крапчатостью; в окраске хвоста проступают ржавые тона; Дагестан; ряд изолированных колоний к югу от Сулака.
11) C. p. musicus Men. (1932) — крупнее других форм, брюшная сторона без желтизны, крапчатость верха слабо выражена, передний отдел скуловых дуг имеет угловатые очертания, верхние резцы поставлены круче, а нижние более полого изогнуты, чем у других форм. у нижнего предкоренного постоянно только один задний корень; в верховьях рек центральной части Большого Кавказа: альпийская и горно-степная зона по верхним притокам Кубани и Терека, склоны Эльбруса. Суслики с Баксана и Чегема выделяются в отдельную расу.
12) C. p. boehmi Krass. (1932) — близка к C. p. musicus, по несколько мельче и светлее, пятнистость выражена резче, окраска низа с примесью желтовато-ржавых тонов; изолированные колонии в горах к югу от Дзауджикау и изредка в его окрестностях.
13) C. p. brauneri Mart. (1916) — близок к C. p. planicola, но окраска желтее, иногда с ржавыми тонами; крапчатость обычно хорошо выражена; западная часть ареала вида — до приазовских и донских степей включительно.